综合研究所

东京神学大学设置亚洲传道研究所和日本传道研究所构成的综合研究所，把神学和传道研究为据点。每年3月出版《传道与神学》（《纪要》），反映研究成果。

亚洲传道研究所

为了承担亚洲传道的课题，本研究所与近邻各国的教牧人员和留学生一起努力确立传道的视点。通过前往韩国、台湾，菲律宾、中国教会的研修旅行，学生可以親身学习到各国教会的经验，并可以得到宣教士的喜悦。

日本传道研究所

日本传道研究所是为承担日本福音宣教的特别使命而诞生的。本校教师前往各地，听取当地教会牧师的传道经验和意见，尝试对教育作出贡献。并且本研究所为推进传道研究，协助志愿牧师和本校每年共同举办的日本传道协议会。